Sophie Junker se produit régulièrement avec de grands chefs d’orchestre tels que Harry Bicket (Dorinda dans Orlando), Laurence Cummings (Sigismondo dans Arminio, Aspasia dans Alexander Balus, Michal dans Saul et Bellezza dans Il Trionfo del Tempo e del Disinganno de Haendel), Christian Curnyn (Femme italienne dans Médée de Charpentier, Phoebe dans Castor et Pollux de Rameau), Masaaki Suzuki (Cantates de Bach, Vêpres de Monteverdi), ou encore Stefano Montanari (Zerlina dans Don Giovanni).

« Au charme irrésistible », selon le magazine Opera, Sophie jouit déjà d’une solide relation avec l’Opéra Royal de Liège Wallonie (Elisetta dans Il Matrimonio segreto, Wanda dans La Grande Duchesse de Gérolstein, rôle-titre dans Cendrillon de Pauline Viardot), et avec Angers-Nantes Opéra (Amour dans Orphée et Eurydice, Constance dans Dialogues des Carmélites). En 2016 elle fait ses débuts aux États-Unis en chantant Cleis dans Sapho de Martini et Hélène dans Une Éducation Manquée de Chabrier (Opera Lafayette, New York et Washington). Parmi ses autres rôles à l’opéra, on retrouve Caio dans Ottone in Villa de Vivaldi au Festival d’Opéra de Copenhague, Proserpine et Eurydice dans La Déscente d’Orphée aux enfers de Charpentier (Wigmore Hall, La Haye), et Belinda dans Dido and Aeneas (Festival de Musique Ancienne d’Innsbruck).

En concert, Sophie se produit régulièrement en tant que soliste avec le Concerto Copenhagen dirigé par Lars Ulrik Mortensen, avec La Nuovo Musica de David Bates, avec l'ensemble Vox Luminis basé en Belgique, avec Le Concert de la Loge dirigé par Julien Chauvin, avec Le Poème Harmonique dirigé par Vincent Dumestre et avec Arcangelo de Jonathan Cohen. Ses représentations ont inclus la Passion selon Saint-Jean de Bach avec l'Ensemble 1704 (Paris, Prague, Dresde et Dortmund), La Création de Haydn avec l'Orchestre national de Russie à Moscou, les Grands Motets de Lully ainsi qu'en tournée Vespro a san Marco avec le Chœur de Chambre de Namur sous la direction de Leonardo García Alarcón, le Requiem de Fauré sous la direction de Klaas Stok (Amsterdam Concertgebouw), la Grande Messe en ut mineur de Mozart avec B'Rock, et Apollo e Dafne de Haendel avec {oh!} Orkiestra sous la direction de Martyna Pastuszka.

Le répertoire de Sophie comprend également les rôles de Cunegunda dans Gismondo de Leonardo Vinci (Vienne, Moscou, Dortmund et Bayreuth), EVenere dans La Divisione del Mondo de Legrenzi (Strasbourg, Mulhouse, Colmar, Nancy, Versailles et Cologne sous la direction de Christophe Rousset), Eurilla dans Il Pastor Fido de Haendel (Gliwice et Händel-Festspiele Halle) et Atalanta dans Serse de Haendel (Opéra de Rouen Normandie, dans une production de Clarac & Deloeuils sous la direction de David Bates). Elle a également fait ses débuts à la Staatsoper Berlin en interprétant Drusilla dans L'Incoronazione di Poppea sous la direction de Diego Fasolis et a chanté le rôle-titre dans Theodora de Haendel dirigé par Leonardo García Alarcón (Namur, Beaune).

Le soprano souple et étincelant de Sophie a également été entendu en Angelica dans Orlando Furioso de Vivaldi (La Seine Musicale), en Clori dans Egisto de Cavalli (Opéra Royal de Versailles) et en Asteria dans Tamerlano de Haendel avec l'Orchestre de Chambre de Moscou sous la direction de Christopher Moulds (Tchaikovsky Hall, Moscou). En 2022, elle a fait ses débuts en tant que Cleopatra dans Giulio Cesare sous la direction de George Petrou (Reisopera, Händel-Festspiele Göttingen) et en tant qu'Atilia dans Eliogabalo de Cavalli, mis en scène par Calixto Bieito (Opéra de Zurich).

Au cours de la saison 2023/24, Sophie interprétera le rôle d'Emira dans Siroe, re di Persia de Haendel, mis en scène par Ulrich Peters dans le cadre du Händel-Festspiele Karlsruhe. Elle rejoindra également une production de la Passion selon Saint Jean de Bach mise en scène et chorégraphiée par Sasha Waltz et dirigée par Leonardo García Alarcón (Festival de Pâques de Salzbourg, Opéra de Dijon). Parmi les autres temps forts de la saison figurent des apparitions dans la Passion selon Saint Matthieu de Bach (Konzerthaus à Vienne), Paulus de Mendelssohn (Leonardo García Alarcón, Victoria Halle à Genève) et Judas Macchabaeus de Haendel (Vokalensemble Rastatt, Schwäbisch Gmünd et Rastatt).

La discographie de la soprano inclut Sacrifices avec La Nuova Musica (Harmonia Mundi), Esther de Händel avec Laurence Cummings (Accent), L'Épreuve Villageoise de Grétry (Naxos), Cantates Séculaires de Bach avec le Bach Collegium Japan et Masaaki Suzuki (BIS), Stravaganza d’amore avec Pygmalion sous la direction de Raphaël Pichon (Harmonia Mundi), ou encore Cunegunda dans Gismondo de Leonardo Vinci (Parnassus Arts Productions). A l’automne 2020, le premier CD solo de Sophie, La Francesina, sortait sous le label Aparté. Cette publication a été récompensée d’un International Classical Music Award et du Trophée Forum-Opéra.