Céline Scheen grandit au village de Plombières près de la frontière allemande et participe dès l'âge de cinq ans aux répétitions de la chorale de l'église locale, dirigée par son père. À partir de 1991, elle apprend la flûte et le chant dans la classe d'Annie Frantz au conservatoire de Verviers. Un an après, elle est envoyée par sa professeur à l'émission RTBF "Jeunes solistes" dans laquelle elle arrive aux finales. Après ses études à Verviers, elle continue au Conservatoire royal de Mons dans la classe de Marcel Vanaud où elle obtient les premiers Prix en Chant Concert et en Chant Opéra.

En 1998, elle obtient la bourse « Nany Philippart » à la Chapelle Musicale Reine Elisabeth et poursuit ses études durant deux ans dans la classe de Véra Rosza (1917–2010) à la Guildhall School of Music and Drama de Londres. Véra Rosza découvre son talent et son caractère vocal convenant pour la musique ancienne.

En 1999, Céline Scheen enregistre pour la Deutsche Grammophon Gesellschaft la musique du film Le roi danse de Gérard Corbiau avec l’ensemble Musica Antiqua Köln sous la direction de Reinhard Goebel.

Avec l'Ensemble Clematis et sous la direction de la violoniste Stéphanie de Failly, elle participe en 2002 à l'enregistrement de deux disques consacrés à des compositeurs originaires des Pays-Bas méridionaux : Nicolaus a Kempis et Carel Hacquart.

Elle se produit dans de nombreux opéras et, entre autres, dans plusieurs productions sous la direction de René Jacobs ou de Philippe Herreweghe. Elle est régulièrement accompagnée par des ensembles de musique ancienne tels que Musica Antiqua Köln, Il Fondamento, le Ricercar Consort, Café Zimmermann et La Fénice sous Jean Tubéry.

En 2010, Céline Scheen commence un travail intense avec Christophe Rousset et son ensemble Les Talents Lyriques pour des programmes d'opéras et de concerts. Fin 2012, elle interprète Vénus dans Vénus et Adonis de John Blow avec les Musiciens du Paradis dirigés par Bertrand Cuiller, spectacle créé au Théâtre de Caen.

Actuellement, elle travaille sur plusieurs projets de concert avec l'Ensemble L'Arpeggiata de Christina Pluhar.